Mit der Errichtung der „Zuchthauskirche“ St. Johann Nepomuk für die Gefangenen der Haftanstalt Schloss Osterstein gab es im Jahr 1820 ein Wiedererwachen des katholischen Lebens nach der Reformation.

Das Hochwasser der Zwickauer Mulde von 1858 schädigte das Kirchgebäude derart, dass der inzwischen viel zu klein gewordene Kirchenbau durch einen Neubau ersetzt werden musste. Dieser neoromanische Neubau wurde am 04. April 1889 geweiht.

Im Inneren der Kirche bilden ein rundes und drei darunter stehende lange Fenster den Hauptschmuck. Das große Wandkreuz sowie die Madonna mit Kind sind Werke des Bildhauers A. Schweigert.

1954 entstanden durch ein Hochwasser große Schäden in der Kirche, die eine Renovierung dringend erforderlich machten. Bei dieser in den Jahren 1956 bis 1959 durchgeführten Renovierung und den Umbauarbeiten wurde das Fenster im Altarraum zugemauert.

1984 bis 1989 gab es anlässlich der 100-Jahrfeier der Kirche eine große Renovierung, bei der ein Anbau an der Kirche mit Eingangshalle, einer neuer Sakristei und einem Probenraum entstand. Auch wurde das Altarfenster wieder freigelegt und eine neue Heizungsanlage eingebaut. 

Zudem erhielt die Kirche neue Bänke und der 1960 vom Ostritzer Künstler Emil Pischel geschaffene Kreuzweg wurde in der Kirche angebracht. Bischof Gerhard Schaffran schenkte der Gemeinde eine Figur des heiligen Johannes Nepomuk, die 1823 von einem unbekannten Künstler geschnitzt wurde.

1992 konnte die alte Orgel durch eine dreimanualige Walcker-Orgel ersetzt werden.

Von Mai bis Dezember 2014 wurde die Kirche grundlegend umgebaut. Kernstück der Umgestaltung war die Öffnung und Einbeziehung der beiden ehemaligen Sakristeien in den Chorraum. Dort fanden die Skulptur der Gottesmutter und der Tabernakel mit einer Nepomuk-Reliquie ihren Platz.

Der neugestaltete Altarraum erhielt nur noch zwei Stufen, das portable Taufbecken bekam seinen Platz vorn im Mittelgang. Zudem erhielt die Kirche eine Luftheizung, neue Bänke aus hellem Eschenholz und eine neue Farbgestaltung im Kirchenschiff. Die bis dahin dunkelbraune Decke wurde mit einer hellen Farbe gestrichen.

Bischof Dr. Heiner Koch weihte am 13. Dezember 2014 die umgestaltete Kirche wieder ein.

Die Kirche wird durch die Gemeinde und die katholischen Kindertagesstätte St. Johann Nepomuk genutzt.

Seit 27. September 2020 gehört die Kirche St. Johann Nepomuk als Filialkirche zur neu gegründeten Pfarrei Heilige Familie Zwickau.